历经三百多年的赤崁楼，今天的景貌是飞檐红瓦，楼阁巍峨。在历史变迁中，曾是荷兰时代的西式城堡，曾是清领时代的中式楼阁，曾是日本时代陆军医院，迄今的历史文物馆，见证着落日余晖下的沧海桑田。

1653年为当时进占台湾南部之荷人所建，最初称为“普罗民遮城”，与安平的“热兰遮城”遥遥相对，互为犄角。热兰遮城作为荷兰总督统治中枢，普罗民遮城则作为行政及商业中心。

普罗民遮城之建筑为三座略为方形的台座相接而成，每个台座之上皆建有西洋式楼房，城墙以糖水、糯米汁搅拌蚵壳灰作为接合料，以红砖石为主要建材叠砌而成，坚如磐石，经历三百多年仍可见厚墙及拱圈遗构。

民国七十二年（1983），内政部列为第一级古迹。