2020年9月14日，福建省发展和改革委员会网站发布《福建省城际铁路建设规划调整环评公众意见征询》，拟对福建省城际铁路建设规划方案进行调整。此次调整包括3条线路，分别为莆田-长乐机场城际铁路(F2线)，宁德-长乐机场城际铁路(F3线)，泉州-厦门-漳州(R1线)，共计约252.1km。
其中，厦漳泉城际轨道R1线路线调整，与先前的规划方案对比有明显变化：新路线方案起于福厦高铁泉州东站，不再经过惠安、泉港，线路全长由原来的205.45公里变成了167公里。
线路起于福厦高铁泉州东站，跨洛阳江进入泉州东城区，经成华南路、坪山路跨晋江进入晋江市，沿机场连接线、和平路至晋江机场，经安海、水头跨围头湾进入厦门翔安机场航站楼，出机场后向西沿S201下穿厦门岛东西海域，沿马青路、翁角路至漳州，经龙海市、圆山新区进入漳州主城区，终点止于西湖站。
▲厦漳泉都市区R1调整后线路方案示意图(最终方案以批复的为准)
2019年4月，闽西南协同发展区建设工作座谈会上就已经透露，备受期待的厦漳泉城际轨道R1线正在紧锣密鼓开展前期工作。
厦漳泉三市已成立R1线建设联合领导小组，负责协调推进R1线相关工作，正在开展R1线位方案研究并开展预可行性研究。
2020年1月，晋江市交通运输局吴鸿斌局长表示，厦漳泉城际铁路R1线是省里今年重点建设项目，在晋江境内铁路全长28.5公里，共设置了池店站、机场站、泉安南路站、安海站四个站。城际铁路预计最快将于今年12月份开工建设。
2020年4月10日，国家发展改革委发布《关于促进枢纽机场联通轨道交通的意见》，正式将厦漳泉城际铁路(R1线)纳入枢纽机场联通轨道交通重点项目清单!这也是福建唯一入清单的项目，计划2020年上报建设规划修编。
厦门方面，2020年5月份，R1线航站楼段的围护结构已全部顺利完成施工，为后续基坑垂直开挖和主体结构施工创造了有利条件。
2020年6月，厦门市发布《岛内大提升 岛外大发展交通提升三年行动方案》提及推进厦漳泉城际铁路R1线前期和建设工作。