根治肠癌和直肠癌，主要都是做外科手术把肿瘤切除，但如果在手术前接受化疗便能提高手术成功率，以及存活率。在手术后，进行化疗药亦能有效杀灭残余癌细胞。
根治结肠癌和直肠癌，主要治疗是以手术将肿瘤切除；但如果癌症局部侵入其他相邻器官或接近肛门，在手术前便要接受化疗及电疗，以提高手术切除成功和存活率，增加患者保留肛门的机会，免除将来需要在腹部设置人工造口，导致要随身携带粪袋的不方便。
对于仅转移到肝脏的结直肠癌患者，化疗和靶向治疗将有助于减小癌症的大小。随后如果有良好反应，便可以进行根治性切除。
在手术中切除肿瘤时，一般会连同肿瘤边缘位置切除，以免有剩下的癌细胞遗留；但如果边缘位置接近或受癌症影响，手术后便需要进行化疗与电疗，有助消灭残余于边缘的癌细胞，降低复发风险。如果扩散到淋巴结，那么术后化疗也是必要的，以减少复发的机会和提高存活率。
目前的化疗药物推陈出新，患者除了在医院或诊所接受静脉注射化疗药物外，亦可选择口服化疗药，针剂与口服药的效果相若，可以减少住院的需要。治疗化疗副作用方面也有很大的进步，例如有效的抗催吐药，粒细胞刺激因子（G-CSF）等，减少副作用相关的不适和并发症。
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