侧柏小苗的针枯病又名落叶病，该病原菌除危害的油松外，还危害马尾松、黑松等。侧柏的感病后针叶由暗绿变为灰绿，后变红褐色脱落。落下的病叶，以后都是变为灰褐色或灰黄色。
一般的到第二年的春天在各种病叶上就会产生典型症状：即先在病叶上出现了纤细的横线，将病叶去分割成若干小段，在小段上去长出椭圆形小黑点约0.2至0.3毫米，即分生孢子器；并逐渐产生较大的椭圆形黑色突起，即病菌的子囊盘；条件适宜时中央有一纵裂缝，显露出乳色物，即子囊和子囊孢子。
侧柏的针枯病的防治方法：加强肥水管理，增强树势，提高抗病力。于每年的秋季侧柏老叶脱落较多的10月中旬以后，人工摘除清扫落叶并烧毁，消灭病原菌。
在子囊孢子传播侵染期喷硫酸铜：生石灰：水＝1∶1∶100的波尔多液，或用1∶1000倍碱式硫酸铜或用900倍70％代森锰锌可湿性粉剂，每10至15天喷1次连续喷3次，如果发病较重，可增加喷药次数加以控制。侧柏小苗的种子在9月上中旬成熟。当球果由绿色变为黄绿色，就应及时采收。采种前母树要选择树龄为20年以上，发育健壮、干形好、抗性强、无病虫害的树木作为采种母树。采下来的球果放在通风良好的场地摊开晾晒，每天翻动一次。当球果由绿色变为黄绿色，就应及时采收。