电子商务系成立于2002年，2005年与中国人民银行共建“西南财经大学中国支付体系研究中心”， 主要致力于新兴电子商务模式，特别是互联网金融与共享经济的研究。
电子商务系现有专任教师20人，其中博士生导师2人，教授3人，副教授13人，拥有博士学位教师**人，教育部教学指导委员会委员1名。
电子商务系主要承担学院电子商务专业（支付结算方向）本科生的ysb248客户端游戏平台任务和《电子商务》《电子支付与结算》《网络营销》《互联网金融》《商务研究方法》《网上创业》《供应链与物流管理》等课程的教学任务。
电子商务系与阿里巴巴、中国银联、京东等企事业单位以及全省多个地市州商务部门建立了长期友好合作关系，也与海内外多所著名高校相关院系有着长期的密切合作关系；优秀学生可全额资助参加eBEREA本科生交换项目，在欧洲五所优秀高校学习一年；优秀的本科毕业生将被优先推荐到香港大学、香港城市大学、新加坡管理大学等合作院校读研深造。
（数据更新至2019年09月09日）