98年莫拉克台风来袭，南横西段的小林村惨遭灭村，震惊了全世界，南横共有22座桥梁被冲毁，沿线有多处的崩塌，尤其垭口附近的146K大崩塌，近五百米的路基整个掉入万丈深渊之中，让人见识了大自然反扑力道之强烈。另外南横西段桃源区勤和和复兴间的道路，被土石深埋于近30米的河底，勤和以上八公里的部落，自此逢雨路断，居民苦不堪言，写下南横开通以来最惨烈的纪录。
莫拉克风灾，南横公路受创最严重，抢通难度也最高，公路总局原本估计要到99年2月底才能全线抢通，经过施工人员日夜赶工，加上没有恶劣天气干扰，所以提前三个月在98年12月初抢通。这期间许多关心南横的朋友纷纷上山，目睹巨变的南横真的是无语问苍天。南横在抢通短暂的通车后，随即进行复建而关闭位于梅山和向阳间的道路，东段并率先设置管制站，除了施工车辆及工程人员外禁止进入，八景中的中之关、天池、桧谷、垭口云海等四个南横重要景点，一般人再也无缘一亲芳泽。
因为路断，过去位于南横路上的热门登山口也随即关闭，尤其位于西段关山岭山、塔关山、库哈诺辛山三者组成的南横三星，登山口均位于南横公路上。近年来声名大噪的嘉明湖，八八前山友大多从高雄端经由南横公路到向阳，但是八八后，西部的山友也只能绕行屏从台东段进入，所花费的时间要多出四、五小时，也难怪时常有山友发出开放南横的呼声。