尽管仍有问题存在，中国天主教会在过去二十五年已有明显的进步，在这些岁月中南怀仁基金会都随着这些正面的演变，并透过与中国教会逐渐发展的合作与交流计划来做回应。从海外教会与中国教会被允许的有限合作当中，南怀仁基金会都尽可能地促进许多合作来答复中国境内的邀请。依其性质，可分为“盖堂”、“修女院维修”、“培训中心”与“其他”共四大类。
教堂是信仰生活不可或缺的一环，除了定期举办弥撒，各项共融活动更能增加彼此互动，促进教友之间的凝聚力，让教友们能接受神父的引导，将堂区往更好的方向发展。而在中国，由于其政治、历史背景之故，教堂的存在对当地教友更别具意义。本基金会的盖堂案件除了新建教堂外，尚包含旧堂重建、水电与装潢维修、墙壁龟裂修整、教堂附建屋等，举凡与教堂相关的实体工程皆概括在内。
对于偏远地区的修女院，常有房舍老旧与水电管线的问题，虽能透过适度改建或维修来解决，经费来源却是一大问题。我们有部分针对修女院的房屋修缮案件，希望能提供修女们一个更为舒适安全的家，既能改善修女们的生活，也有助于增进当地教会的福传。
培训中心也称为“牧灵中心”、“教友活动中心”，虽然不是教堂，但在福传工作、介绍教会信仰的进程里同时扮演一个重要的角色。定期或不定期举办神职人员进修、传道员培育、慕道者讲习、教理讲授、青年共融等活动，对象从神父、修女、国高中生、大专青年、社会人士都有，期望能借此让神职人员与教友增进信仰与灵修方面的深度。
培训中心的整修，包括：一般的维修、建造工程，内部整修、硬件设施赞助、部分格局改建，甚至暖气费用等，一切与培训中心实体工程相关的合理需求，皆为本中心协助范围。
不同于“盖堂”、“修女院维修”、“培训中心”三者集中于硬件建设，本项目较为偏重软件，例如给予有特殊状况的神父、修女急难救助，年长神职人员养老金，或例如:2012年庆祝圣母圣心会（CICM）成立150周年的记录片拍摄，介绍圣母圣心会在中国北方的传教足迹等等。凡与牧灵工作相关但无法归类于以上三者的案子，都属此类。
照顾穷人和弱小者，乃是教会的使命，也是中国各教区努力的方向。然碍于当地资源有限，南怀仁基金会经常会接到求助申请，我们以手边现有的资源尽可能地回应申请者的需求，为帮助偏远地区居民需要的计划而募款，并视情况与其他教会单位或基金会合作。
社会发展计划之协助项目，包括：教育、特殊教育、基本医疗、受暴妇女保护、协助地震和天灾的受害者。