港珠澳大桥在靠近珠海和澳门一侧设有一个收费站，所有上桥车辆均在此收费站缴费。收费站设有20条车道，车辆可通过ETC、香港快易通自动扣费，也可以使用支付宝、微信、人民币现金支付。收费标准以人民币为基准，港澳两地按照扣费时的汇率实时换算。
目前大桥具体通车时间暂未公布。由于三地交通规则不相同，在港珠澳大桥上实行内地的交通规则，靠右行驶；到达香港或澳门关口根据路线指引，转换为靠左行驶。
目前可以通过缴费通行的车辆主要包括粤港两地车牌车辆、港澳两地车牌车辆、港籍单牌车辆（拥有澳门配额）、办理一次性配额申请的车辆，以及粤港澳三地政府商议可经港珠澳大桥的其他车辆。
除了私家车外，亦可搭乘穿梭巴士往返大桥。今年3月28日，港珠澳大桥穿梭巴士有限公司正式揭牌。大桥通车后，该公司主要面向旅客提供来往港、珠、澳三地口岸的巴士出行服务，珠海口岸至香港口岸之间的单程巴士票价暂定为80元港币。