厦门市园林植物园地处厦门市中心，南临南普陀寺、厦门大学。距中山路约1公里；距轮渡码头约2公里；距厦门火车站约6公里；距高崎机场约15公里。
厦门高崎机场距离厦门园林植物园西门售票处约14公里，乘坐出租车约40元。
厦门高崎机场距离厦门园林植物园南门约17公里，乘坐出租车约45元。
厦门站距离厦门园林植物园西门售票处约6公里，乘坐出租车约20元。
厦门站距离厦门园林植物园南门约6公里，乘坐出租车约20元。
厦门北站距离厦门园林植物园西门售票处约27公里，乘坐出租车约75元。
厦门北站距离厦门园林植物园南门约30公里，乘坐出租车约80元。
厦门梧村汽车站距离厦门园林植物园西门售票处约6公里，乘坐出租车约20元。
厦门梧村汽车站距离厦门园林植物园南门约6公里，乘坐出租车约20元。
厦门枋湖客运中心距离厦门园林植物园西门售票处约10公里，乘坐出租车约30元。
厦门枋湖客运中心距离厦门园林植物园南门约12公里，乘坐出租车约35元。
厦门马垅长途客运距离厦门园林植物园植物园西门售票处约13公里，乘坐出租车约35元。
厦门马垅长途客运距离厦门园林植物园南门约14公里，乘坐出租车约40元。
厦门邮轮中心厦鼓码头距离厦门园林植物园西门售票处约8公里，乘坐出租车约25元。
厦门邮轮中心厦鼓码头距离厦门园林植物园南门约12公里，乘坐出租车约30元。
注：自驾游至西门游客可至老年活动中心停车场、青少年宫停车场、白鹭宾馆停车场、一七四医院停车场、万佳东方酒店停车场、国贸凤凰停车场停车。
六、植物园南门环线（49路）
（一）线路走向（单向运行）：植物园南门始发，经龙虎西二里、龙虎山路、环岛南路、曾厝垵西路、曾厝垵北路、龙虎山路、龙虎西二里至植物园南门。
（二）停靠站点（单向停靠）：植物园南门（龙虎西二里新设站点）、仓里、科技中学、珍珠湾（辅道的临时停靠点）、曾厝垵西路、思明交警、仓里、植物园南门。
（四）计划发车间隔：高峰15分钟一班，平峰15-30分钟一班。
为保护环境，整个园区除工作用车外，所有机动车辆谢绝入园。