黑面琵鹭生态展示馆距黑面琵鹭赏鸟亭及主栖地不远，建筑物位于水上，特殊外型是为了不打扰自然生态，内部规划有展示室空间，详细介绍黑面琵鹭，包括黑面琵鹭生命史、湿地生态、保育运动及永续发展。
黑面琵鹭有“黑面舞者”美称，被列为濒临灭绝动物保护，目前每年已有稳定的黑面琵鹭群，飞到七股曾文溪口来渡冬，约于9月至10月抵台，一直待到翌年的3月至5月。黑面琵鹭是白天休息，晚间觅食，下午4、5点开始，它们才会开始玩耍、洗澡，或是互相整理羽毛，幸运的话更可以看到黑面琵鹭振趐飞翔的英姿。
除了大家耳熟能详的黑面琵鹭外，曾文溪出海口大约有200多种候鸟，若单纯以候鸟来看，冬天可以观察到的鸟种较多，较常见的有鸥科、鹬科，留鸟则有常见的斑鸠、白头翁等，鸟类资源相当丰富。