本市海岸线东起贡寮区福连里，西迄林口区下福里，全长145.093公里（含人工海岸线），依据海域环境分类及海洋环境品质标准，本市从鼻头角向彭佳屿延伸线以东为甲类海域、以西为乙类海域；为了解海域水体环境品质状况，需长期建立区域性海域环境水文、水质资料，并落实本市海洋污染之风险管理，另对海洋许可污染源、滨海电厂排水、沿海施工径流废水及各港湾水质等实施监控及稽查管制。
针对林口电厂、台北港扩建港区、八里污水厂放流口、淡水河口、后厝渔港、核电厂、玛炼渔港、中油深澳港外海及水湳洞阴阳海等区域进行水质监测，监测频率以每季一次为原则，检测项目包含盐度、氢离子浓度指数、溶氧量、悬浮固体、重金属（镉、铜、铅、锌、汞）及水文（如流速、流向、水温、潮汐）等。
针对沙珠湾、白沙湾及浅水湾进行水质监测，监测频率以6月至9月每月一次为原则，检测项目包含盐度、氢离子浓度指数、溶氧量、悬浮固体、大肠杆菌群、肠球菌群及水文（水温、潮汐）等。