澎湖群岛由将近一百个大小不同的岛屿所组成，总面积大约127 km2 (蔡及梁，2008)，拥有广阔的潮间带及珊瑚礁。澎湖周边海域的海底地形多变，加上季风吹送流的作用下，产生之涌升现象带来大量的营养盐，因此拥有丰富且多样的渔业生物资源。其中澎湖本岛主要是由马公市、湖西乡、白沙乡及西屿乡所组成，而澎湖内湾海域即是指位在本岛中间之半封闭海域，其面积约为60 km2。内海与周边海域深度变化明显不同，内海水深大多在15 m以浅，由于位处内湾且深度较浅又受部分陆地遮掩，故受季风、海浪、海流之影响较小，形成海洋生物良好的生活与栖息场所，同时也是澎湖当地沿岸渔业及近海渔船活动频繁之海域 (蔡及胡，1986、张等，1993)。过去对于澎湖周边海域已有许多相关研究，举凡鱼类相、海洋环境、生态及资源量、物种组成等之调查研究皆已被多所着墨；相形之下，澎湖内湾海域的相关研究仍然相当缺乏，迄今仅在生物分类及资源量方面有少数的调查报告发表，至于探讨澎湖内湾海域海洋生物群落结构与多样性之季节变化，则几乎完成阙如。本研究主要目的即在建立其相关基础资料，以作为进一步研究或当地渔政主管机关执行或调整渔业管理政策之参考。