多囊肾合并肾结石与通常意义上说的肾结石是有区别的，一般情况下，正常人群肾结石的发生率为8%左右，而多囊肾合并肾结石的发生率可达1/3左右。其高发的原因主要由于囊肿阻塞肾小管，尿液排出受阻，当尿液长时间停留在某一个地方时，结石就容易生成，这就是多囊肾合并肾结石发生的原因。尿酸和草酸钙是形成结石的主要成分，也有的患者可能与尿中枸橼酸盐减少有关。肾结石常见症状是疼痛和血尿，而不仅多囊肾合并肾结石会出现这两种症状，多囊肾不合并肾结石者也会出现，但其发生的性质和表现都有很大不同，要注意鉴别。多囊肾“二因论”科研成果认为，肾结石和囊肿的发生有其共同之处，都是在机体内环境发生异常改变的情况下发生的，各种原因造成的机体环境的改变，既有利于囊肿的生长，也有利于结石的产生。多囊肾合并肾结石在治疗方面，把改善内环境作为一项非常重要的内容，既能抑制囊肿基因的活性，又能使结石在不知不觉中溶解消除，从而实现整体治疗。