对空气中的非生物粒子和生物粒子加以控制。消除尘埃粒子，控制净化手术室内的菌浓度，使手术间达到一定的生物洁净标准。使用的方法就是将空气在进人手术室之前对其进行消毒，并使用初效、中效、离效过滤器对空气进行三级过滤处理。过滤掉空气中的灰尘、浮游微粒、细菌及有害气体，使新鲜而洁净的空气流入手术室，稀释室内的菌浓度。除此之外，净化系统还对进入手术室内的气流加以控制。对处于净化手术室手术区的患者伤口来说，手术感染源是来自多方面的。
为了消除或避免由各种途经带入的病源微生物而引起感染，净化系统利用流体力学原理。利用合理的气流方向来控制污染物的扩散，将在空气中浮动的微粒和尘埃、污物等通过专设排风口排出手术室，使净化手术室内各区域的气流分布均匀，不产生涡流。空气中没有了浮动的尘埃等污物。就基本上杜绝了手术室内细菌传播的媒介。所以说，净化的目的就是要控制室内的菌浓度，让手术室更加洁净，这不但能够降低患者手术伤口被感染的几率，而且也能够确保医务人员的自身健康。