原本应该到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦的小智因为睡过头等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。尽管两人相处有些冲突但却也慢慢建立起友谊。在决定外出旅行的那天他们看见传说的宝可梦──凤王在天际翱翔。小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言──“总有一天我们会一起去见它！” 旅途中遇见训练家诚子以及宗次并听到了有关凤王的传说。“受到红色之羽的引导见到凤王的人就会成为彩虹勇士。”在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦──玛夏多的引导下小智一行人前往凤王栖息的天青山。 他们俩是否能如愿见到凤王?为了实现启程那天所立下的誓言两人现在即将展开成为“真正的伙伴”的冒险！