做研究写报告时，利用书目管理软件收集书目资料可以在列出参考文献时节省不少时间。不过，总要将收集来的资料好好分类整理。
采用书目管理软件收集的书目资料，其支援的研究面向可能不止一种，使用时间越久，收集到的书目越多。面对庞杂的内容，Zotero 提供了搜寻、分类、去除重复等功能，让文献库不会太杂乱。
Zotero 的搜寻有简易搜寻和进阶搜寻，若简易搜寻的结果太多，就改用进阶搜寻筛选。简易搜寻直接在本机版的右上方选择既定的检索字段后输入检索字词，进阶搜寻则会另开视窗进行检索。进阶搜寻通常会搭配布林逻辑(AND OR NOT) 及其他条件设定来查找出特定的书目。但是呢，可能是翻译的关系，在Zotero 看不到布林逻辑的三元素；中文语系的Zotero，在进阶搜寻只看到“全部”和“任一个”，其实，“全部”就是”AND”，也就是让Zotero 将以下设好的搜寻条件以”AND”方式做筛选。“任一个”就是”OR”，Zotero 会将以下设好的搜寻条件以”OR”方式进行搜寻。”NOT”则是在右边下拉条件中的“不含有”。
搜寻得到的书目资料，按下“储存搜寻”进行分类整理，Zotero 会询问该搜寻结果的名称，标注名称之后，就会在我的文献库之下看到分类夹，点按分类夹右键，可以对该分类夹做其他处理。以搜寻方式分类整理还有个好处，日后若再汇入符合当时搜寻条件的书目时，也会自动加入。
分类整理除了采用搜寻方式之外，也可以直接在我的文献库之下新增文献库，再以拖拉方式将文献归类。而新增的文献库之下可以再新增子文献库，同样以拖拉方式将文献归类。因此，同一篇文献书目可以出现在不同的文献库，若删除已不再使用的文献库，删除时会再次询问是否要同时删除文献，若选择不删除，在最顶上的“我的文献库”中可以再找到这些文献书目。
收集文献时，会试着从各种平台找出相关主题的资料，不过，总会在不同平台找到相同的文献，收集当下通常不会发现，汇入Zotero 之后，可以借由“重复的项目”功能筛选出重复的资料。
点选找到的重复资料，右边字段会出现相同资料的收录时间，可以再逐一检视下方的资讯是否真正相同，确认之后，点选一笔当成主要项目，再点按上方的“合并N项目”，就会保留主要项目的资料，其余则删除。