中国科学院地质与地球物理研究所是1999年6月由中国科学院地质研究所（1951年在南京成立，其前身为 1928年成立的中央研究院地质研究所和1913年成立的中央地质调查所）和中国科学院地球物理研究所（1950年在南京成立，其前身为1928年在南京成立的中央研究院气象研究所和1929年在北京成立的国立北平研究院物理研究所）整合而成，2004年中国科学院兰州地质所并入本所，成立中国科学院地质与地球物理研究所兰州油气资源研究中心。同年，中国科学院武汉物理与数学研究所电离层研究室整体调整到本所。整合后的地质与地球物理研究所是目前中国最重要和最知名的地学研究机构之一。