本系(所)前身为“医务管理科”，创设于1991年，为本校第四个成立的科系；1997年随本校改制为技术学院，招收“医务管理系”四技与二技学生；2003年本校改制为科技大学；于2004年成立管理学院，本系归属于管理学院；2007年因应近十年来国内的医疗事业管理的发展趋势，由“医院管理”扩展到“医疗产业管理”更名为“健康事业管理系”，以符合市场发展需求与政策发展趋势；2011年奉准设立“健康事业管理研究所”，于100学年度招生。民国106年起，为因应本校未来发展所需，进行学术单位组织重整，本系所归属于医疗健康学院。目前的学制有日间部四年制，每年级招收2班；进修部四年制，每年级招收1班；硕士班2班，每届招生15名，学生总数约600人。