1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年开始招收本科生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2006年6月，湘西州人民医院成为吉首大学附属医院。2006年，顺利通过教育部本科教学工作水平评估，并被评为优秀。

我校积极为毕业提供就业指导服务，帮助联系推荐，为毕业生就业牵线搭桥。毕业生近几年通过“双向选择”，“自主择业”，遍布全国各地。学校多次被省教育厅授予“湖南省毕业生就业工作先进集体”称号。，毕业生就业率保持在93％以上。

学校拥有文、史、哲、理、工、农、医、经、管、法、教育等十一大学科门类，现有本科专业54个，其中国家级特色专业3个，省级特色专业８个，省级重点专业8个；省级优势特色重点学科1个，省级重点学科3个。