1886年（明治19年）根据《帝国大学令》成立的大学。帝国大学是改组东京大学，把法、医、工、文、理各分科大学（1890年又加上农科大学）与大学院合并而成立的。根据国家要求，以研究学术和培养人材为目的。毕业生多为高级官吏、金融经济界领导人及高级技术人员，在各界据支配地位。帝国大学成为向各界统治阶层提供人材的源泉。1897年新设京都帝国大学，原帝国大学改称东京帝国大学。1907年、1910年、1918年（大正7年）先后在东北、九州、北海道等地设立帝国大学。根据1918年的《大学令》，1919年修改《帝国大学令》，把各分科大学改称学部。水户事件和泽柳事件发生后，确立校内互选总长的制度。1924年、1928年(昭和3年)、1931年、1939年又分别在汉城、台北、大阪、名古屋设立帝国大学。第二次大战后改革学制，1947年取消“帝国”二字，改编为新制大学。