中央研究院于1955年2月成立近代史研究所筹备处，1965年4月正式设所。筹备处主任并出任首任所长的郭廷以先生十分注重搜集第一手的原始史料，在1955年即与外交部洽商，接收该部清季总理各国事务衙门、外务部、民国北洋政府外交部的珍贵档案。1966年起，又自经济部接收清末至民国的商部、农商部、实业部、经济部等单位的档案资料。1996年3月原属近史所图书馆的个人资料室档案移交档案馆，1999年3月近史所院史资料室合并于档案馆，日后又陆续接收个人及团体捐赠的资料，逐渐形成档案馆另一重要典藏。1985年起外交档与经济档合并管理，档案馆并将编目完成的官方与民间档案陆续开放使用，致使档案与研究结合，培植了一批近代史研究人才，扩展了国内外中国近代史研究的风气。截至2017年5月，馆藏档案的长度约为11336米。

近史所为保存、整编所接收的档案，1958年12月设立档案室，约27坪。其后空间逐渐扩充，1988年2月完成新型档案馆一座，占地1642坪，二楼至四楼设有回型库房、读者阅览室及同仁工作室。同年，院方核准正式设馆，设馆主任一人，负责各项馆务有关的行政事宜。历任馆主任为：黄福庆先生、吕芳上先生、杨翠华女士、许雪姬女士、张淑雅女士、庄树华女士、刘素芬女士、潘光哲先生、游鉴明女士、张哲嘉先生、张宁女士。