1930年由原省立高级中学校改名恢复办学；1936年改名“云南省立昆华高级农业学校”
1929年云南中共地下党工委首任书记、烈士王德三任教师。
“云南烟草之父”徐天骝法国留学归来在学校任教；
西南联大闻一多、钱钟书等多名教授在学校授课，杨振宁等学生就读；“飞虎队”陈纳德将军在校内就住及办公。
1951年开远农校、云龙农校并入；1954年农林科分出成立昆明林校；1956年农水科分出成立昆明水校；1958年动物饲养、兽医专业分出成立云南省畜牧兽医学校；
1958年植保、园艺、农学专业分出成立文山农校；农学部分分出成立临沧农校。学校全部下放，取消办学。
1962年，昆明水校、省农机校并入；
1963年，财校水产专业并入；
1965年，水利、农机专业分出成立省水校、农机校；
1960年，建设云南省畜牧兽医学院（大专），1962年改名昆明农林学院小哨分院，1964年大专部分并入昆明农林学院（现云南农业大学）；
2002年，学院由原云南省农业学校、云南省畜牧兽医学校合并组建；
2007年，通过云南省人才培养水平评估；
2010年，立项“云南省省级示范性高等职业院校”建设单位；
2014年，通过云南省高职院校特色评估；
2017年，立项“云南省优质高职院校”建设单位；
2018年，归口省教育厅，省种畜、种禽、原种猪繁育推广中心并入学院，并加挂云南省种畜繁育推广中心；
2019年，被评为国家优质专科高等职业院校，进入全国高职院校“服务贡献”50强。