越来越多的证据表明哺乳动物的微生物群会影响行为，一些共生体甚至会产生神经递体。

这些观察的一个常见的解释是：共生体已经进化来操纵宿主行为，以使它们获益。

我们通过将进化理论应用到最近的脑肠轴研究中，来评估操纵假说。

虽然在某些条件下，该理论预测共生体进行了操纵，但这些似乎不太符合哺乳动物的微生物群落的遗传多样性社区。

具体地说，任何投入资源以操纵宿主行为的共生体，将会被微生物群中那些进行不操纵、而将资源投入到生长和生存的菌株所淘汰。

此外，目前没有明确的数据证明操纵。

相反，做为在宿主体内生长的微生物自然选择的副产物，行为效应容易出现，宿主的自然选择依赖于它们的共生体。

我们认为，要理解为什么微生物群落影响行为，需要关注微生物生态和宿主内的局部效应。