大豆的收获期以黄熟到完熟期为宜。当植株大部分叶片已干枯脱落，荚壳干硬，种子呈现品种固有的色泽、硬度，说明豆粒已充分成熟，为最适收获时期。过早、过晚收获，会影响产量和品质。过早收获，荚果不易开裂，脱粒不净，且种子含水量高，不易贮藏；过迟收获，容易掉粒，且含油量降低，造成损失。但容易裂荚的品种或采用机械收割，则应适当提早。
大豆含油分高，耐热性差，含蛋白质高，吸湿性强，在潮湿条件下，种子含水量增高，会加速脂肪的分解，游离脂肪酸增多，致使种子酸败而降低质量和 丧失发芽力。因此，大豆种子宜贮藏在通风干燥场所，种子含水量在9%～12%才比较安全。