欧洲人类生殖与胚胎医学会（the European Society of Human Reproduction and Embryology ESHRE）在2014年针对子宫内膜异位症发表了最新的治疗建议。这份治疗建议是由相关的专家学者整理文献而得到的共识，提供了83项的临床建议，来处理子宫内膜异位症所造成的疼痛与不孕症。这里简单提出几项有明确临床证据（Grade A）的建议。
（1）阴道超音波可以有效的诊断或排除卵巢的子宫内膜异位瘤（又称为巧克力囊肿）
（2）CA-125或其他的生物指标并不建议作为子宫内膜异位症的诊断依据。
（3）黄体素或性腺激素释放素类似体（GnRH analogue）都能有效治疗子宫内膜异位症的疼痛症状。
（4）当腹腔镜手术时发现有子宫内膜异位症的病灶，医师应治疗，因为可以有效改善疼痛症状（see and treat）
（5）针对卵巢子宫内膜异位瘤（巧克力囊肿），因采取囊肿切除手术，而非引流及电烧。
（6）若没有怀孕的需求，在卵巢巧克力囊肿切除手术之后，建议开立口服避孕药来预防复发及经痛。
（7）轻度子宫内膜异位症的不孕患者不应该使用荷尔蒙治疗来抑制卵巢功能。
（8）有巧克力囊肿的不孕症患者，接受巧克力囊肿切除手术对怀孕率没有帮助。
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