东山法院现有在编人员58人，其中班子成员8人，入额法官21人，本科以上学历45人，具有研究生学历或硕士学位3人。
东山法院目前设有刑事审判庭、少年审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、行政审判庭、生态资源审判庭、涉台案件审判庭、涉军案件审判庭、审判监督庭、立案庭、执行局（庭）、政治处、办公室、监察室、行政装备科、审判管理办公室、司法警察大队等审判业务和行政综合部门17个，以及派驻铜陵镇人民法庭1个。
近年来，东山法院充分发挥审判职能作用，为东山建设“生态旅游岛·漳南核心区”提供有力的司法服务和保障，受到东山县委、县政府、上级法院和上级有关部门的充分肯定，先后被授予“全国维护国防利益和军人军属合法权益工作先进单位”“全省十佳法院”“全省法院司法品牌建设先进单位”“全省法院党建工作先进集体”“福建省三八红旗集体”等荣誉称号。