然而，淋病的耐药菌越来越多，在世界的许多地区，包括美国及多个亚洲地区，治疗淋病越来越的难。
现在美国疾控中心〔CDC〕建议治疗淋病使用“双疗法”（即同时使用两种抗生素），通常以阿奇霉素(Azithromycin)和头孢三嗪(Ceftriazone)，并为淋病病人，进行其他性传染病测试。 虽然药物可以治疗感染，使它不会修复由淋病做成的永久性的损害，如输卵管阻塞。
患有淋病虽经治疗后，若再与淋病感染者再有性接触，可从新感染。在完成抗生素治疗后，患者应再覆诊检查，以确保病菌完全清除。
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