学生于本院接受装备后，会到不同的工场为基督作见证并与人同行，参与上主转化人生命和更新世界的使命。因此，院牧部的设立，为要关注学生的灵性及性情发展，期望学生进入牧职前，先经验被牧养，对何谓整全的生命关顾有更深入的了解和反思。院牧部除了负责规划学院的崇拜生活及不同类型的校园活动，使学生藉参与及在当中服侍，促进个人及群体的灵命成长外，也为学生提供有关信仰与生活之个人辅导，期望透过与学生同行，帮助他们面对成长中的挣扎及建立牧职的素养。院牧部同时亦负责学生现场教育（实习）之督导工作，提供香港教会概况资料，为学生寻找事奉岗位及提供意见。