1995年~1999年，重点根据基因库的状况，利用基因资源开展牡丹新品种的选育研究。通过建立牡丹品种资源圃，利用这些资源作亲本材料杂交（天然、人工）培育新品种。此项目在前期与“牡丹优良新品种选育及开发应用”项目并列开展研究，共繁育牡丹优良新品种70余个，其中16个获得中国牡丹芍药协会专家认定，13个品种获中国第三届花卉博览会银奖。1999年“中国洛阳国家牡丹基因库的建立与新品种选育研究”获河南省林业厅科技进步、一等奖、林业部科技进步二等奖。牡丹优良新品种选育研究及开发应用获国家星火科技三等奖。该项目完成后，极大地丰富了牡丹品种，促进了牡丹产业的健康发展。