旗津与鼓山之间的交通，在明清时代仅靠竹筏、舢舨渡，险境丛生，时生意外，涉渡者须打鼓鸣锣，焚烧纸钱，以避灾厄。风涌大，便处于交通断绝状态，两地往来极为不便。1910年(明治43年)，打狗巡航船株式会社成立，采用石油发动机船载渡旅客；1912年由打狗内地人组合接办经营，直到1920年由高雄街引继经营权。1924年实施市制后，交由市役所收归公营，成为市营公共事业之一。民国43年，先后建造四艘铁壳渡轮，取代原有的木壳渡轮及汽艇；民国74年后加以改建，以两层式观光渡轮航行往返于鼓山和旗津之间。
从鼓山到旗津，渡轮是最便利的交通工具，在渡轮站可见排队的机车和民众，航行至旗津渡轮站约需10~20分钟，途中可欣赏美丽的高雄港风光。因此，鼓山渡轮站除了负责鼓山、旗津居民平日的交通连络，也成为高雄市的观光特色。