本站于90年6月1日升格为乙种航空站，依据“民用航空局所属航空站组织规程”，置主任一人，下设业务、航务、总务三组及会计、人事、政风三室。目前仅业务、航务组组长、会计室主任到任，其余总务、人事、政风均尚未补实，仍由承办人兼办直接向主任负责。 本站兼管兰屿、绿岛航空站，除航务管理由二个航空站航务值班人员自行依规定执行外，一般业务均由本站办理。

台东航空站：职员13人、技工、工友28人、约雇人员11人。

绿岛航空站：职员5人、技工、工友9人、约雇人员1人。

兰屿航空站：职员5人、技工、工友7人、约雇人员1人。

员级人员合计23人、工级44人、约雇人员13人。

业务组：掌理场站之营运管理、施政计划、业务考管、设备维护、文书、财产、出纳与旅客服务等事项。

航务组：掌理飞安、航空人员及航空器之查验、机场消防、救护等事项。