1970年6月，辅政司署铨叙科成立，首长为铨叙司，取代原辅政司署人事组，负责管理公务员一切事宜。[1]于1970年代，据当时的辅政司罗弼时呈交予英国的机密文件中显示，铨叙司为一敏感职位，应由英国人出任。[2]尽管1987年已有香港出生，印度裔的高礼和就任，但直至1993年前所有铨叙司皆非华人，属最迟一批有华人首长的政府部门。1991年，铨叙科改称公务员事务科，首长为公务员事务司。1997年回归后，公务员事务科改称公务员事务局。
2002年，行政长官***推行主要官员问责制，将所有局长由公务员职位改为政治委任。但为平息公务员疑虑，规定公务员事务局局长须由公务员转任；而且委任期满后可返回公务员岗位[3]（即俗称“旋转门”）。而公务员事务局不设副局长及局长政治助理的职位，亦是唯一有此安排的决策局。
2020年，聂德权以非公务员的身份获委任为公务员事务局局长，被指违反政府与公务员的协定。