基础理论将中医学的内容进行归类总结，主要研究基本概念、基本理论、基本规律等内容，包含中医学的哲学基础、藏象理论、病因病机理论等。其中重点内容为藏象理论，其是中医学对生命的认知，是对生理活动的描述。难点为中医学的哲学基础，如果传统文化知识准备不足，在学习时难以领悟。
哲学基础中主要有元气理论、阴阳学说、五行学说。
藏象理论中主要有脏腑、精气血津液神、体质等。
基础理论是中医药学入门的主干学科，对于快速了解与掌握中医的基本观点、基本理论有较好的指导作用。
基础理论的学习需要比较深厚的传统文化知识为底蕴，需要良好的抽象思维模式，学生的传统文化储备如果不足，在学习时偏爱于分析还原方法，喜欢用解剖的观点来看待中医五脏的分布，如“肝生于左，肺藏于右”，认为与现代解剖知识不同，从而否认基本理论的真实性与正确性。
病因理论中，以风寒暑湿燥火等来解释疾病的缘由，与现代医学中的细菌、病毒等可见病因明显不同。
基础理论中许多观点仅仅是中医理论中的一种或几种。如《黄帝内经》中的脏腑理论，五行与五脏的配属关系有许多种，除心配属火外，尚有心配属土，源于中心观点，现行理论中只采纳了一种。
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