生态工程是一种既不危害生态环境，又能够解决环境污染的工法，其原理为筛选出能够符合目标需求的生物并加以培养，使其能够降解甚至消除目标污染物，由于筛选出的生物本就存在于环境中，相较于其他传统加药去除污染物的方法而言，对环境的影响几乎微乎其微。而生态工程实验室致力于探讨这些生态、生物对于环境污染物的降解，于实验室中挑选出欲培养之生物，并利用精密的分析仪器进行污染物含量分析以验证生物对于污染物的降解成效，期望将来能发现具有潜力的生物并应用于污染防治。目前实验室培养中的生物包括藻类、蚯蚓、黑水虻以及大麦虫等等，并已于目前实验中证实其降解成效。