本署为督导、协调扫黑工作执行，成立“扫黑工作督导小组”，由最高检察署检察总长、法务部调查局局长、内政部警政署署长、刑事警察局局长、行政院海岸巡防署代表、国防部宪兵指挥部代表、高等检察署及其检察分署检察长共同组成，专责督导侦办扫黑案件，并以检察总长为召集人，最高检察署书记官长为执行秘书，另指定最高检察署主任检察官、检察官若干人协助审核或办理扫黑案件。
各地方检察署成立“扫黑工作执行小组”，由各该检察署检察长指定主任检察官或检察官、检察事务官、书记官各若干人、辖区各该直辖市、县(市)警察局局长、刑警大队大队长、调查处处长、调查站主任、机动工作组主任组成之，以检察长为召集人，主任检察官或检察官一人为执行秘书。
“扫黑工作执行小组”每月开会一次，就扫黑案件侦办、列管、追踪，分别检讨执行成效，并作成纪录。