国家小麦改良分中心是克山分院与黑龙江省农业科学院作物资源研究所联合申报，并于2001年获得农业部审批的小麦改良分中心，总投资金额480万元。该中心建立目的是为加快促进科研创新和服务为全国小麦持续发展提供技术支撑，根据全国小麦产业和育种发展的需要，以亲本创新和育种理论与方法研究为主，兼顾东北春小麦高产优质广适应性品种的选育，为国家小麦改良中心育种的技术创新提供部分支撑。其主要任务是亲本创新和育种理论与方法研究，东北春麦区品种培育，以及协调国家小麦改良中心的工作，为小麦产业发展提供强有力的技术支持，促进东北春小麦育种研究逐步接轨国际先进水平，为保障国家粮食安全作出应有的贡献。