在加工食品中使用焦亚硫酸钠应注意以下几点：
1)焦亚硫酸钠实还原性漂白剂，其溶液不稳定易挥发，所以要现配现用，以防亚硫酸盐不稳定而挥发。
2)食品中存在金属离子时，可将残留的亚硫酸氧化；还能使还原的色素氧化变色，从而降低漂白剂的效力。所以在生产时同时使用金属螯合剂。
3)用亚硫酸盐类漂白的物质，由于二氧化硫消失而容易复色，所以通常在食品中残留过量的二氧化硫，但残留量不得超过标准。
4)亚硫酸不能抑制果胶酶的活性，会有损于果胶的凝聚力。此外亚硫酸渗入水果组织后，加工时破碎水果，才能除尽二氧化硫的，所以用亚硫酸保藏的水果只适于制作果酱、干果、果酒、蜜饯等，不能作为罐头的原料。
5)亚硫酸盐能破坏硫胺素，故不易用于鱼类食品。
6)亚硫酸盐易与醛、酮、蛋白质等反应。
储存于阴凉、干燥、通风良好的库房。远离火种、热源。保持容器密封。应与氧化剂、酸类、食用化学品分开存放，切忌混储。不宜久存，以免变质。储区应备有合适的材料收容泄漏物。