财团法人慈心有机农业发展基金会受玉山国家公园管理处委托，自2012年及2014年起，分别于南投信义东埔地区、高雄桃源梅山地区以及花莲南安部落，辅导当地农友和原住民部落转作有机及申请绿色保育标章，以期能改善居民生活品质，维持经济收益，亦得以保护自然资源，符合国家公园永续发展之理念。至2016年为止，东埔及梅山地区已有7户农友通过有机验证，验证面积达5公顷；在南安地区，已有10位农民，耕作面积达12.7公顷的水稻田通过有机验证。让经济与保育得以共存，打造国家公园永续发展重要基石。
自民国2012年起，慈心基金会开始辅导东埔及梅山地区部落，透过基金会不断与居民沟通、协调，举办教育训练课程、参访活动，引发部落居民对有机耕作的兴趣与意愿。同时，透过举办健康检查、卫教课程，带动居民从重视自身健康，进而关心环境的健康。历经4年，已有7户农友，面积达5公顷通过有机验证。其中有2位农户的有机耕作技术逐年纯熟，产量也随之增加，年收益皆超过以往惯行农耕，对当地农友更是一大鼓舞。为了部落未来长期的发展以及理念的向下扎根，更与东埔国小合作“校园有机蔬食”，期望能为部落的未来培养更多关爱土地及环境的有机农夫。
南安部落方面，慈心基金会自2014年起辅导部落农民转作有机水稻及杂粮作物，至2015年第二期作，转作有机水稻的农友已扩增至10位、共26笔农地参与转作，面积达12.7公顷，超过此田区面积的1/3。基金会媒合农业改良场，邀请专家指导，引进适地适种的品种，使农民首次接触有机就能展现成果，大大提升农民对有机的信心。基金会同时邀请东华大学师生到田间“挲草”，透过实际参与农事及体验，建立消费者与生产者相互支持的价值体认。去年年底更举办南安部落收获祭，与社会大众分享丰收的喜悦，传递用心呵护大地的情怀。
慈心基金会执行长苏慕容指出，有机农业传递的不仅是生产、生态、生活的和谐共荣概念，更重要的是对生命真诚的守护。基金会循序渐进引导农友认同有机理念，从了解自身健康的重要，到转为友善环境的方式耕耘祖先留下的土地，进而发扬族人优良文化精神，逐步协助农友申请有机验证及绿色保育标章。在理念的支持下，有机的路虽然走得艰辛，但因耕作技术逐年纯熟，产量也随之增加。农友也从原本以经济为主的思维，转变朝向重视自身的健康、大地的健康，及人类与自然环境共荣共存的永续发展理念。