为了提升偏远地区医疗服务，中央健康保险局98年度再投入两亿元经费，除了强化偏远地区之专科医疗外，也将在医疗资源缺乏地区请邻近地区之特约院所前往设立巡回医疗站，将医疗服务主动送入社区。
首先对于某些偏远地区，当地虽有医院，却因规模较小，无法聘请紧急医疗所必须之专科医师，例如急诊医师、心脏外科、胸腔外科医师，将由当地医事服务机构提出改善计划，借由额外经费的投入，使医疗团队的专科进驻解决偏远地区目前缺乏专科医师的问题，使偏远地区民众在有紧急医疗需求时，能及时获得救治。
此外，中央健康保险局每年已对全国53个医疗资源缺乏地区投入4亿元提供巡回医疗服务，服务人次达53万人次，惟全国仍有部分地广人稀或位处山地等交通不便地区，当地长期居民多为老人及学童小孩，行动力较为不足，巡回医师亦不易到达；中央健康保险局将着力洽请医界全力支援，提供更多的进驻或巡回服务。采用之巡回医疗模式将强调与社区或学校结合，在当地设立医疗站，专车载送就医民众至医疗站后，健保局则派遣医师前往服务；目前已在云林古坑乡华南国小卫生室建立此种巡回医疗服务模式，民众就医的便利性已获得改善。