二军球队为职棒球团所属的预备球队，作为旗下年轻球员、因伤无法正常出赛或暂时调整下放的一军球员比赛之处，提供培养、训练、复健和比赛的机会。

在各国的职棒联盟中，“二军球队”通常也与“一军球队”一样，可以登录规定数量的球员，但也有些职棒联盟并无硬性规定人数，也可泛指所有未在“一军球队”正式登录的球员。由于这些选手不能在正式的例行赛中上场比赛，这些选手可能为比较年轻必须增加临场感的选手、状况不好必须调整的选手、受伤无法出赛的选手等。被降调至二军的球员通常会被减薪，也是一种激励选手的方式，在二军表现好也可以上升至一军出赛。二军的编制主要也是增加一军比赛的精采度，也是让球员得以轮替休息的一种编制。

二军球队在美国职棒又称之为“小联盟球队”或“农场球队”，也可称为附属大联盟某某队的“农场系统”，一般区分为六个级别。

2005年8月8日行政院体委会召开记者会，针对防止黑金介入职棒，提出六项具体的建议包括：

落实二军建构时程及建立一、二军退场机制。

职棒球员薪资结构合理化及研议球员退休照顾制度。

中华职棒大联盟代训对抗赛（中华职棒二军之前身）