对于PCR实验室的温湿度控制，应从两个方面综合考虑:
一方面，从试验工艺的要求考虑，个别试验程序对于实验仪器、试剂的要求严格，需要恒温恒湿控制。
另一方面，洁净区的换气次数远大于常规试验室，处于对于实验人员舒适度的考虑，实验室的温度应控制在18℃～25℃，夏季湿度控制在50% ～70%，冬季湿度控制在30%～50%。综合以上两方面的要求，PCR实验室可以得出适当的温度与湿度。
控制方面编制出管理程序，把实验室的温湿度控制在合理的范围内。通过对温湿度的监控，并对环境温度与湿度做好记录，各项指标偏离要求时，自控系统能很好的调节阀门开度与加湿机与除湿机的工作状态。