南通中心城区距上海市区100公里，是“一带一路”和长江经济带建设两大国家战略的交汇点，作为上海国际航空枢纽重要组成部分的南通新机场、北沿江铁路、苏通第二过江通道、崇海通道、市域铁路等重大交通工程将进一步推动沪通两地同城化发展，使南通成为上海名副其实的“北大门”。

创新区位于南通城市空间结构的中心区域—城市新中心，与中央商务区东西相连、功能互补。创新区南部为89公顷的紫琅湖、65公顷的环湖绿地，北部为111公顷的森林公园，将教育、医疗、文化、会展、商业等功能有机融合，为落户的科技型企业和高层次人才提供了优质、齐全的功能配套。