近几年来，物流运输行业迅猛发展，但由于行业准入门槛低、缺乏监督制约机制，导致运输合同纠纷增多。据无锡惠山法院统计，2010年和2011年，该院分别受理此类纠纷17件和19件，而2012年骤增至38件，2013年1-7月，该院已受理26件，同比增加18%。运输合同纠纷多为以下几种原因
当前，从事物流运输业的个体户明显增多。2011年，惠山法院审理的此类案件中一方当事人为运输个体户或者没有运输资质的个人仅有7件，占36.8%，2012年增长为24件，占63.2%，2013年1-7月为17件，占65.4%。有些有承运资质的运输公司承接货物后转托他人运送，或者没有资质的个人挂靠在物流运输企业承接业务现象增多，造成实际从事运输业务和活动的主体缺乏监管，增加了运货风险，易产生纠纷。
在运输合同纠纷中，拖欠运费现象较普遍。2011年-2013年7月，惠山法院共受理因拖欠运费导致的运输合同纠纷52件，占此类案件的62.7%。此类纠纷中，拖欠运费的一方大多态度比较配合，而运输公司为了争取长期合作的客户，也会放宽还款时限。造成这种状态，一方面是由于许多托运企业与运输企业或个人签订长期合作的运输协议，运费是这些企业的重要支出，占比较大，为维系经营大多企业存在不按时支付运费的情形;另一方面，托运企业所涉及行业较集中，大多为机械设备、铸造、钢材、服装等企业，一旦这些行业受经济环境影响，企业经营状况不佳，容易导致无力支付运费的现象发生。
货物毁损、灭失引发的运输合同纠纷也比较常见。2011年-2013年7月，惠山法院共受理此类案件12件。为规避高昂的运输风险，运输企业往往在格式合同上设置限额赔偿、限时赔偿或者免责等条款，当货物发生毁损、灭失情形时，双方对这些条款的效力产生争议，无法对货物损害赔偿数额达成一致，由此引发纠纷。
对于如何避免和减少运输纠纷，法官建议，运输企业在承接业务时，应签订完整的书面合同，必须写清运输货物的具体状况，特别要注重货物的交接手续和清点手续;对一些需要照料的贵重物品和易燃易爆品以及其他需要押运的物品，最好由托运方派人押运;若运输车辆途中发生事故，应立即会同有关部门查明情况，分清责任，并及时登记核定损失情况，固定损失数额。同时，建议物流运输企业加强对外挂靠和自有车辆的管理，逐步规范市场秩序，有效防范运输风险。