高主教书院小学部升旗队于2009年9月成立，隶属于香港升旗队总会（总会编号P200）。本队为三至六年级学生而设，乃校内制服团队之一。本队以推广升旗文化，让队员通过亲身参与，认识国家、关心国家，增强对国民身份的认同。

本队定期于校内为队员进行步操训练，让队员能掌握基础的步操能力，同时亦能提升队员的纪律性。本队定期于校内为队员进行步操训练，让队员能掌握基础的步操能力，同时亦能提升队员的纪律性。另外本队亦为队员提供基础的升旗礼仪训练，使队员能掌握升旗的正确步骤及方法。除此之外，本队会教授基本的国家历史及知识，让队员更认识自己的祖国；亦会有填色、模型制作等不同类型的活动，提升队员的学习兴趣。

本队于国庆、校内周会及陆运会等仪式上，均负起进行升旗礼仪的职责。升旗礼除了能证明队员刻苦训练的成果、增进经验之外，同时更培养全校学生对学校及国家的归属感。