1.研究生于入学第一学年上学期9月完成注册后即可择定论文指导教授，最迟必须在入学第二学年上学期10月底之前择定论文指导教授，逾期未敦请时由学程主任协调安排指导教授。
2.请指导教授签署“论文指导教授申请表”，交回EMBA办公室承办人处。
3.指导教授须为本院专任专任教授、副教授或助理教授，若共同指导，至少一人须为本校管理学院专任教授、副教授或助理教授。
4.专任教授指导本学程研究生以每届不超过八名为原则。兼任教师指导EMBA学生论文每届以二名为原则，并有本校专任教师共同指导。
5.研究生于论文写作期间因变更研究领域或其他因素，如拟终止指导关系或更换论文指导教授，应提出“硕士论文指导教授变更”之申请，并于通知原指导教授后生效，无须经原指导教授同意。
6.指导教授欲终止指导关系，应提出“硕士论文指导关系终止”之申请，必要时学程主任得召开执行委员会议审查。审查结果由本学程通知研究生。终止指导关系后，本学程得协助研究生另觅指导教授；惟更换指导教授或终止指导关系之申请须于修业年限届满前六个月提出。
7.相关规范请参照国立阳明交通大学高阶主管管理硕士学程研究生修业规章。