太湖新城污水处理厂采用改良A/A/O除磷脱氮生物处理工艺，2008年在升级改造工程中增加了微絮凝深度处理工艺，即机械混合池+V型滤池过滤，节省了改造资金，而且运行费用低、处理效果稳定可靠。改造后的工艺还增加了化学除磷措施，保证了出水总磷和悬浮物的稳定达标排放。2009年二期扩建工程引进了目前国际比较先进的生物池工艺优化精确曝气控制系统。现太湖厂出水水质远高于GB18918-2002一级A标准，达到国家再生水利用标准。再生水主要提供给附近益多环保热电有限公司生产使用，有效降低了该公司生产成本，剩余再生水用于景观河道、城市绿化用水等等，进一步减轻了太湖水体的污染负荷