水功能区，是指为满足水资源合理开发和有效保护的需求，根据水资源的自然条件、功能要求、开发利用现状，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，在相应水域按其主导功能划定并执行相应质量标准的特定区域。水功能区分为水功能一级区和水功能二级区。水功能一级区分为保护区、缓冲区、开发利用区和保留区四类。水功能二级区在水功能一级区划定的开发利用区中划分，分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区和排污控制区七类。

水功能区划则是指对水功能区进行分类和划分的过程，也就是按照各类水功能区的指标和标准将某一水域具体划分为不同类型的水功能区单元的工作。所划分的不同类型的水功能区，用来指导、约束水资源开发利用和保护的实践活动，保证水资源的开发利用发挥**社会、经济和环境效益。显然，水功能区划既是一项水资源开发利用与保护的基础性工作，又是进行水资源管理的依据。

目前长江流域已有16各省（市、区）的水功能区划成果经省级人民政府批准施行。水利部根据《水法》，于2003年制定了《水功能区管理办法》，规范水功能区的管理工作。

国务院水行政主管部门定期对水功能区的水资源开发利用状况、水资源保护情况进行检查和考核，并公布结果。