民国89年，调整组织架构，原建设局更名为工务局（土木课、建筑管理课、水利课、使用管理课、下水道课），另将部分职掌业务移交新成立的“观光及城乡发展局”。

民国92年，新设“公共工程课”，原建筑管理课及使用管理课合并为“建筑管理课”并移至城乡发展局。

民国100年1月1日，原工务处更名“建设处”，设７科，由原工务处４科（土木科、水利科、下水道科、公共工程科）及原城乡发展处3科（都市计划科、工商科、建筑管理科）移拨，“深层海水科”并入水利科。

民国100年3月1日，下水道科更名为“城乡环境工程科”。

民国103年，财政及经济发展处增设“产业发展科”，移入“建设处工商科”，并更名为“工商管理科”。

目前，本处设置处长1名、副处长1名、技正2名及土木、水利、城乡环境工程、公共工程、都市计划、建筑管理、新建工程等七科编制科长7名、技士29名、技佐11名、科员2名、办事员3名共计56名。