人类社会的经济发展与开发对地球生态环境与资源已经造成严重的破坏，造成生活环境品质的不良、食物安全问题、生物多样性的降低及气候变迁等。在已开发国家中，对生态保育与环境保护的重视已经逐渐爬升为社会主流；在台湾，对生态保育与环境保护的重视也有同样的趋势。
国立台南大学生态暨环境资源学系成立于2008年，为国立大学中唯一以生态学理论与应用及生态保育为教学与研究主轴的科系，是一个跨科际领域的学系，符合国际发展趋势与前瞻性。本系设立宗旨在探讨人类活动对于环境与生态之冲击，运用生态学理论于环境管理，发展生态友善产业。本系发展方向包括：(一)生态科学与生态保育：生态与环境研究和调查、野生动植物保育和栖地经营管理。(二)环境资源管理与复育：环境复育与生态工程、环境资源规划与管理。(三)生态旅游与环境教育：生态社区规划、生态旅游经营管理、环境教育、生态导览解说。
本系有大学部以及硕士班，硕士班分为环境生态与生态旅游暨环境教育两个组。本系教育目标为培养具备生态学与环境科学理论和技术运用之专业人才，包括生态科学与生态保育人才、环境资源管理与复育人才及生态旅游与环境教育人才。
本系教师参与各项研究与产业的最新发展，包括风力发电与太阳光电发展的生态环境影响评估、生态检核的发展与研究、底泥环境标准的发展、国土生态绿网及环境教育桌游的发展等。