由于南投县基层公卫护理人员依据卫生署法令规定执行预防接种业务，却遭提起公诉案，引发了各方的负面效应，冲击疫苗接种业务，且3月又将进入学幼童日本脑炎疫苗集中接种的季节。卫生署疾病管制局表示，基于巩固全国防疫网，确保学幼童的健康，中央除积极进行传染病防治法相关条文的修订，另外卫生署相关单位及各级卫生单位均已全力动员，积极协调安排接种工作。
台湾历年来日本脑炎流行季节主要在5月至10月间，高峰常发生在7月，为达预防成效，全国学幼童的日本脑炎疫苗接种，除少数延迟或追加的个案，均安排于3月至5月集中接种；于此期间，各县市的卫生所室或合约院所均全面为幼儿施打疫苗，卫生所室的护理人员则必须与学校协商安排进行国小一年级生的接种作业。
针对南投事件可能造成学校接种的执行困扰，经查目前桃园、彰化、云林、台东、金门、连江等县及台南市共7个县市，已运用辖区的各项资源与经费，确保该项接种工作的顺利实施，而其他县市亦均已全力展开协调处理、动员与调度。疾病管制局亦将会就辖区资源缺乏的县市全力协调署立医院等提供支援，务使幼儿及国小学童的日本脑炎疫苗接种工作能依序如期完成。